Λέγονται και γράφονται κατά καιρούς διάφορα σχετικά με το κρυφό σχολείο την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Πολλοί αναθεωρητές ιστορικοί επιχειρούν να αμφισβητήσουν την ύπαρξη του και να το παρουσιάσουν ως έναν «εθνικό μύθο». Το σπουδαιότερο επιχείρημα των αρνητών του κρυφού σχολείου είναι το εξής: Οι Οθωμανοί Τούρκοι έδειξαν σε γενικές γραμμές ανοχή σε θέματα πίστης και εκπαίδευσης. Άρα, η ύπαρξη τέτοιου είδους «σχολείων» καθίστατο περιττή. Το βέβαιο είναι πως οι Οθωμανοί σουλτάνοι παραχώρησαν προνόμια και έδειξαν ένα βαθμό ανοχής προς τους Έλληνες
υπηκόους τους. Όμως χρονικά, η Τουρκοκρατία υπήρξε μια τεράστια περίοδος, η οποία ενέτασσε στους κόλπους της το σύνολο του Ελληνισμού. Συνεπώς, δεν μπορούμε να κάνουμε λόγο για μια κατάσταση που ήταν ίδια στον χρόνο και τον χώρο. Κατά τους πρώτους δύο αιώνες, η μεταχείριση των υποδούλων υπήρξε πιο καταπιεστική με κύρια χαρακτηριστικά το παιδομάζωμα και τους βίαιους εξισλαμισμούς.
Από τις αρχές του 16ου αιώνα γίνεται φανερή η αυξανόμενη επιρροή των φανατικών μουσουλμάνων, ιερωμένων στην Αυλή των Σουλτάνων, γεγονός που περιόριζε τα προνόμια των Χριστιανών. Οι φανατικοί αυτοί ιερωμένοι στράφηκαν εναντίον κάθε μορφής εκπαίδευσης που δεν ακολουθούσε πιστά το Κοράνι. Από τα μέσα του 17ου αιώνα τα πράγματα βελτιώνονται στον εκπαιδευτικό τομέα και οι υπόδουλοι Έλληνες αρχίζουν να ιδρύουν, υπό την αιγίδα της Εκκλησίας και με την βοήθεια των ξενιτεμένων και των ευεργετών, σημαντικά εκπαιδευτικά ιδρύματα. Ίσως τότε η λειτουργία κρυφών σχολείων να περιορίστηκε, χωρίς όμως να παύσει τελείως. Άλλωστε, δεν πρέπει να λησμονούμε ότι η εφαρμογή των σουλτανικών φιρμανιών έγκειτο στη διακριτική ευχέρεια των κατά τόπους πασάδων. Πολλές φορές η ίδρυση ενός σχολείου εξαρτάτο από τα συμφέροντα, τη διάθεση και τον χαρακτήρα του τοπικού Οθωμανού ηγεμόνα.
Χαρακτηριστικά αναφέρουμε ότι τον 18ο αιώνα, σε μια εποχή που οι Οθωμανοί γενικά είχαν επιτρέψει ή ανεχθεί τη δημόσια λειτουργία ελληνικών εκπαιδευτηρίων, ο τοπικός Οθωμανός ηγεμόνας της Αιγύπτου απαγόρευε την χρήση της ελληνικής, επί ποινή αποκοπής της γλώσσας. Πάντως και κατά τον ίδιο αιώνα έχουμε περιόδους διωγμών. Είναι επίσης γνωστό ότι μετά τα Ορλωφικά και τις επιδρομές των Τουρκαλβανών, ο Κοσμάς ο Αιτωλός διέκοψε τις προσπάθειες ίδρυσης σχολείων και κατέφυγε στο Άγιο Όρος. kosam aitolosΥπάρχουν αναφορές για ύπαρξη κρυφών σχολείων και τον 20ο αιώνα στις περιοχές που έμειναν εκτός του κορμού του πρώτου ελληνικού κράτους. Ο Γάλλος ανταποκριτής Rene Puaux συνομιλώντας με Ηπειρώτες το 1913, διαπίστωσε «ότι κανένα βιβλίο τυπωμένο στην Αθήνα δεν γινόταν δεκτό στα σχολεία της Ηπείρου. Ήταν επιβεβλημένο να τα προμηθεύονται όλα από την Κωνσταντινούπολη. Η Ελληνική Ιστορία ήταν απαγορευμένη.
Στην περίπτωση αυτή λειτουργούσαν πρόσθετα κρυφά μαθήματα, όπου χωρίς βιβλία, χωρίς τετράδια, ο νεαρός Ηπειρώτης μάθαινε για τη μητέρα Πατρίδα, διδασκόταν τον Εθνικό της Ύμνο, τα ποιήματά της και τους ήρωες της. Οι μαθητές κρατούσαν στα χέρια τους την ζωή των δασκάλων τους. Μία ακριτομυθία, μια καταγγελία ήταν αρκετή. Δεν είναι συγκινητικό, αυτά τα διακόσια μικρά αγόρια και τα διακόσια πενήντα κοριτσάκια να δέχονται τις επιπλέον ώρες των μαθημάτων (στην ηλικία, που τόσο αγαπούν τα παιχνίδια), να συζητούν για την Ελλάδα και επιστρέφοντας στις οικογένειές τους με τα χείλη ραμμένα να κρατούν τον ενθουσιασμό μυστικό στην καρδιά;»
Πάντως, ο ιστορικός Αντώνης Λιάκος έχει επισημάνει ότι η μαρτυρία δεν παραπέμπει «στην ύπαρξη κρυφού σχολείου στην Ήπειρο, αλλά στο περιεχόμενο της εκπαίδευσης» το οποίο ελεγχόταν από το Φιλολογικό Σύλλογο Κωνσταντινουπόλεως. Μπορούσε όμως ο τελευταίος να στείλει βιβλία που θα μιλούσαν για τους ήρωες του 1821; Οι αναθεωρητές ιστορικοί προβάλλουν την έλλειψη αποδεικτικών εγγράφων για την ύπαρξη κρυφών σχολείων. Δεν θα ήταν δυνατόν όμως να καταγραφεί μια τέτοια δραστηριότητα εφόσον ήταν παράνομη. Ωστόσο, αμέσως μετά την απελευθέρωση και την ίδρυση του πρώτου ελληνικού κράτους, πολλοί λόγιοι κατέγραψαν την προφορική παράδοση που οι ίδιοι είχαν βιώσει ή τους είχε μεταδοθεί από γενιά σε γενιά περί του κρυφού σχολείου. Οπωσδήποτε η διαμάχη για την ύπαρξη ή όχι του κρυφού σχολείου θα συνεχιστεί με αμείωτη ένταση. Όμως κάτι το οποίο έχει εντυπωθεί στο συλλογικό υποσυνείδητο είναι δύσκολο να σβηστεί.