Η φρουριακού χαρακτήρα μονή ιδρύθηκε στις αρχές του 14ου αιώνα από τον κλεισουριώτη ιερομόναχο Νεόφυτο και ανασυστάθηκε στις αρχές του 19ου αιώνα από τον αγιορείτη ιερομόναχο Ησαΐα Πίστα
Σημαντικό ιερό προσκύνημα της Δυτικής Μακεδονίας, η Παναγίας Κλεισούρας είναι χτισμένη στην ευρύτερη περιοχή του ομώνυμου χωριού της Καστοριάς, σε υψόμετρο 970.
Σύμφωνα με την τοπική παράδοση, η φρουριακού χαρακτήρα μονή ιδρύθηκε στις αρχές του 14ου αιώνα από τον κλεισουριώτη ιερομόναχο Νεόφυτο και ανασυστάθηκε στις αρχές του 19ου αιώνα από τον αγιορείτη ιερομόναχο Ησαΐα Πίστα. Κτητορική επιγραφή στην είσοδο του καθολικού αναφέρει ως έτος ανακαινίσεως της μονής το 1813.
Το καθολικό της μονής, που χρονολογείται από το 18ο αιώνα, κοσμείται με επίχρυσο ξυλόγλυπτο τέμπλο (1772) και αξιόλογες τοιχογραφίες, έργα χιοναδιτών ζωγράφων.
Εντός του οικοδομικού συγκροτήματος της μονής βρίσκονται τα παρεκκλήσια της Αγίας Παρασκευής και των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης.
Επίσης, σε απόσταση 150 μέτρων βρίσκεται το παρεκκλήσι του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου, ενώ σε υψόμετρο 1.300 είναι σκαρφαλωμένο το κάθισμα της Αγίας Τριάδας, παλαιό ασκητήριο της μονής.
Κατά τη διάρκεια του Μακεδονικού Αγώνα (1904-1908) η μονή της Κλεισούρας αποτέλεσε ορμητήριο του Παύλου Μελά και άλλων οπλαρχηγών, καθώς και τόπο φιλοξενίας πολυάριθμων Μακεδονομάχων. Επίσης, υπήρξε καταφύγιο πολλών κατοίκων της Κλεισούρας κατά τη γερμανοβουλγαρική κατοχή και την περίοδο του Εμφυλίου.
Ύστερα από μακρά περίοδο εγκατάλειψης, το μοναστήρι επαναλειτουργεί τις τελευταίες δεκαετίες ως γυναικεία κοινοβιακή μονή.
Στη μονή Γενεθλίου της Θεοτόκου Κλεισούρας, κατά το διάστημα όπου δεν υπήρχε μοναστική αδελφότητα και οργανωμένη κοινοβιακή ζωή, ασκήτεψε και αγίασε η γερόντισσα Σοφία, η επονομαζόμενη «αηδών της Κλεισούρας».
Η ασκήτρια της Κλεισούρας καταγόταν από τον Πόντο και κατετάγη στο αγιολόγιο της Ορθοδόξου Εκκλησίας στις 4 Οκτωβρίου 2011. Τα ιερά λείψανα της οσίας Σοφίας φυλάσσονται στη μονή.
Η μονή της Παναγίας Κλεισούρας εορτάζει στις 8 Σεπτεμβρίου, στο Γενέσιον της Θεοτόκου, και στις 6 Μαΐου, ημέρα μνήμης της οσίας Σοφίας.
